اختلافات قومي ، بحران ميان پاکستان وهند بر سر کشمير و از همه مهمتر، خطر گسترش و نفوذ طالبان از جمله بحرانهاي موجود در اين کشور شبه قاره است.
زرداري هنگامي که رياست جمهوري پاکستان را به عهده گرفت، قول داد که با گسترش و نفوذ گروههاي افراطي همانند طالبان و القاعده در پاکستان مقابله و مبارزه کند. از آن هنگام تاکنون هر روز بر نفوذ و گسترش طالبان در پاکستان افزوده ميشود و قطعا اين روند نگرانيهايي را براي کشورهاي همسايه ازجمله جمهوري اسلامي ايران به همراه دارد.
گروههاي افراطي همچون طالبان و القاعده بارها ايران را مورد تهديد قرار دادهاند و در برخي موارد حتي عمليات فيزيکي نيز عليه ايران انجام دادهاند.
گرچه طالبان با شکل کنوني خود نميتواند خطر آنچناني براي جمهوري اسلامي ايران داشته باشد، اما نگراني ايران و کشورهاي منطقه وحتي دنيا از اين است که در صورت سقوط دولت مرکزي پاکستان که البته دور از واقعيت هم نيست و بر سر کار آمدن طالبان در پاکستان و نفوذ و گسترش قدرت آن در منطقه و دستيابي به مراکز سلاحهاي هستهاي اين کشور، قطعا خطر بزرگي منطقه، جهان و کشورهاي همسايه به ويژه جمهوري اسلامي ايران را تهديد ميکند.
براي جلوگيري از نفوذ و گسترش طالبان در منطقه و پاکستان نياز به يک اجماع جهاني است. با وجود اين،به نظر ميرسد آمريکا از اين روند آنچنان نگران وناراحت نيست ، چندي پيش بود كه هيلاري کلينتون اعتراف کرد که 20 سال پيش آمريکا طالبان را به وجود آورد و از آن براي اهداف خود استفاده کرد.
گروههاي افراطي طالبان و القاعده تلاش دارند تا به تسليحات نامتعارف از جمله تسليحات شيميايي، بيولوژيکي و هستهاي دست پيدا کنند. اين گروههاي افراطي اگر بتوانند به اين سلاحها دست يابند ،در استفاده از آن سلاحها شک و ترديد به خود راه نخواهند داد.آمريکا خود پاکستان را هستهاي کرد و اکنون با يک چالش بزرگ جهاني مواجه شده است.